Учени от цял свят декодират генома на новия коронавирус

Повече от 4000 варианта на новия коронавирус циркулират по света, сочат данни на британските здравни власти. От началото на пандемията битката срещу заразата се води на няколко фронта и един от тях е секвенирането на генома на SARS-Cov-2.

Това е начинът учените да разберат как вирусът се променя. Защото "ако не познаваме тези промени, сякаш сме слепи", обясни пред Асошиейтед прес неотдавна Сара Ветер, помощник директор на лаборатория в здравното ведомство на щата Минесота, предава БТА.

През декември миналата година във Великобритания е открит нов вариант на вируса, заради който заразата се разпространява много по-бързо и поразява повече хора. Правителството взема спешни мерки, налага нови ограничения, болниците се пълнят с пациенти, изследователи и производителите на ваксини започват да проверяват дали съществуващите препарати са ефикасни срещу новата разновидност, много държави по света също въвеждат по-строги мерки срещу проникването на новия вариант на заразата.

За опасната разновидност обаче можеше да не разбере никой, ако още в края на февруари миналата година проф. Шарън Пийкок, преподавател по обществено здраве и микробиология в университета на Кембридж, не бе допуснала, че вирусът ще търпи много мутации и някои от тях може да се окажат проблемни.

На 4 март тя пише имейли до петима свои колеги учени с въпроса дали биха й помогнали в създаването на консорциум, който да изгради мрежа от научни институти във Великобритания за системно изследване на генома на новия коронавирус. Седмица по-късно двадесет изследователи - клинични вирусолози, специалисти по генетика, епидемиолози и микробиолози, се срещат в Лондон и създават консорциума Gog-UK, като планират необходимата инфраструктура и експертиза за декодирането на генома на новия коронавирус. Главният научен съветник на правителството, на когото изпращат плана си, също реагира бързо, намира се и държавно, и частно финансиране.

"Това бе необичайно, защото обикновено би отнело година или повече, ако четири обществени агенции, учени от различни институции и Националната здравна служба решат да организират нещо заедно. Но ние просто се събрахме и го направихме, така се роди консорциумът", каза проф. Пийкок пред "Конвърсейшън".

Това е и причината Великобритания да е пионер в изследването на генома на новия коронавирус по света, като проследява над 10 на сто от положителните проби, взети в страната. В края на януари стана ясно, че Великобритания е готова да сподели постиженията си в геномното секвениране с другите държави, за да помогне за по-бързото идентифициране на новите варианти на коронавируса. Това става чрез специална глобална база данни, която ще бъде достъпна на платформа за оценка на новите варианти New Variant Assessment Platform, обяви тогава британското министерство на здравеопазването.

Всъщност глобалните бази данни, достъпът до тях на учени от цял свят и сътрудничеството за създаване на научна инфраструктура помагат на проф. Пийкок и екипа й да напреднат в изследването на постоянно променящия се вирус. В интервюто за "Конвърсейшън" тя казва, че консорциумът вече е секвенирал 45-48 на сто от всички SARS-CoV-2 геноми в базата данни GISAID. Това е глобална научна инициатива, която от 2008 г. осигурява свободен достъп на учените по света до геномни данни за грипни вируси и коронавируси, включително и SARS-CoV-2.

Благодарение на екипа на проф. Пийкок Великобритания и светът вече знаят, че съществуват над 4000 варианта на новия коронавирус, но няколко трябва да се следят внимателно, защото крият повече заплахи. Три са британските варианти, които будят тревога. Най-разпространен по света е откритият през декември първоначално в района на Кент, известен по света и у нас като "британския вариант" на коронавируса. В началото на февруари във Великобритания бяха засечени още два тревожни варианта на заразата - в Бристол и Ливърпул. Бристолският вариант е опасен, защото заразява и хора, които или са преболедували вече Ковид- 19, или са били ваксинирани.

Другите по-опасни варианти на вируса, разпространяващи се сега, са регистрираните първоначално в Южна Африка и в Бразилия. Някои фармацевтични компании вече обявиха, че обединяват усилия в разработването на ваксини срещу новооткритите разновидности. Фирмите, които вече пуснаха ваксини срещу Ковид-19, правят нови изследвания и обявяват готовност за бързо модифициране на продуктите си, за да защитават от новите варианти на заразата.

У нас досега са секвенирани 192 проби, от които при 101 се доказва "британския" вариант. Други варианти не са доказани, съобщиха за БТА от българското министерство на здравеопазването. Секвенираните проби са в резултат на подбор и насочено търсене сред проби, съмнителни за варианта на SARS-CoV-2, описан за първи път в Южна Англия. Анализът се извършва в Националния център за заразни и паразитни болести (НЦЗПБ).

Миналата седмица центърът изпрати първи двеста проби за секвениране в рамките на програма, организирана от Европейския център за профилактика и контрол на заболяванията, каза за БТА доц. Любомира Николаева-Гломб, ръководител на отдела "Вирусология" в НЦЗПБ. Засега центърът има възможност да изпраща в чужбина около 200 проби на седмица за целогеномно секвениране, уточниха от здравното министерство.

В НЦЗПБ пробите, които се анализират, постъпват от болници в страната, основно от Югозападна България. След началото на пандемията бързо се увеличи лабораторният капацитет в страната, доста лаборатории бяха сертифицирани, правят тестове за Ковид-19 и това е положително, отбелязва доц. Николаева-Гломб.

От здравното министерство уточниха, че се водят преговори в ЕС за създаване на експертна мрежа лаборатории, извършващи целогеномно секвениране, които да бъдат подпомагани от Европейската комисия (ЕК).

На 17 февруари ЕК обяви план за готовност в областта на биологичната защита срещу вариантите на COVID-19, наречен "Инкубатор HERA" заради по-опасните варианти на коронавируса, които бързо се разпространяват в цяла Европа. Според Европейския център за профилактика и контрол върху заболяванията вариантът B.1.1.7, който първоначално беше установен във Великобритания, е на път да се наложи над познатите досега щамове, разпространени в ЕС. "Инкубатор HERA" ще обедини изследователите, биотехнологичните дружества, производителите, регулаторните и публичните органи и ще се занимава с наблюдение на новите варианти, обмен на данни и сътрудничество при адаптирането на ваксините.

Капацитетът за секвениране в различните страни от ЕС варира значително и е под 10 % във всички държави членки с изключение на една, съобщиха от ЕК. Затова Комисията ще подпомага държавите от ЕС при извършването на повече тестове и работата по геномното секвениране чрез разработване на специализирани тестове за новите варианти, като за целта ще бъде предоставено европейско финансиране в размер на най-малко 75 милиона евро и ще бъдат предприети подготвителни действия за адаптиране както на ваксините, така и на капацитета за тяхното производство, обявиха от ЕК.

Сътрудничеството и обменът на информация за генома на новия коронавирус в ЕС ще се извършват основно чрез няколко вече съществуващи платформи. Европейският архив на вирусите (European Virus Archive EVA-global) осигурява на научната общност по целия свят контрол върху молекулярната диагностика и проби от вирусни щамове. България все още не е излъчила партньор в EVA-global, но са в ход преговори за асоцииране на НЦЗПБ, съобщиха за БТА от пресслужбата на Европейската комисия.

България подава данни към европейската платформа за Ковид-19 на подкрепената от ЕС биоинформационна инфраструктура ЕЛИКСИР. Освен това страната ни подава информация и проби от коронавируса за изследвания и към европейската изследователска биобанка BBMRI ERIC, уточни говорител на институцията за БТА.

Стандартните PCR тестове проверяват пробите за характерни сегменти от вируса SARS-CoV-2, докато секвенирането на генома е доста по-сложен процес. При него генетичният материал на вируса се извлича от пробите, разчита се и трябва да се сравни с данните, които вече са известни за вируса. Според списанието на известния научен институт "Смитсониън" в САЩ генетичният анализ на проба за мутации и разновидности в най-добрия случай отнема почти две денонощия.